برنامه دوم که آن را اصطلاحا برنامه ۲۰۰۰ می گویند شامل هزینه عملیات و نگهداری است که به وسیله کنترلر و یا ماموریت اعتبار و بودجه هر یگان برآورد به رده بالاتر فرستاده می شود . این همان بودجه ای است که یگان برآورد می نماید . به طور کلی برنامه دوم در طرح وسیع تر آن شامل کلیه فعالیت های جاری و مستمر سازمان ها و عناصر نیروهای مسلح می باشد .